Primeiro o cirurgião faz a extração das unidades foliculares, separando-as de maneira individual. Diferente da técnica de Transplante Capilar FUT, a técnica de Transplante Capilar FUE exige mais prática do cirurgião, isso reforça ainda mais as habilidades do especialista e a importância de escolher o profissional certo pois todos os folículos precisam ser transplantados de forma intacta, o que garante o crescimento total dos fios transplantados.
As cicatrizes são ainda mais discretas que na técnica de Transplante Capilar FUT, o que permite aos pacientes uma maior liberdade na escolha do corte de cabelo, podendo inclusive utilizar o cabelo raspado sem que as cicatrizes fiquem aparentes como ocorre com a técnica de Transplante Capilar FUT.